一、登革熱防疫：
1、市場處每年聘請防疫專家至本處針對市場處及自治會人員辦理多次登革熱防治講習。各市場管理員利用各公有市場會員大會、代表會議時向攤商宣導加強攤位內及市場公共區域之積水容器清除及水溝疏通與清淤，徹底做好登革熱防治。並請市場每週至少依「市場登革熱病媒蚊孳生源自主檢查表」確實自主檢查一次。
2、公有零售市場市場管理員、清潔人員每日清潔打掃，每月固定於休市日進行例行性噴藥消毒。（民有每月噴藥消毒時間並未統一）
3、管理員每天巡查公有市場，清除積水容器，每週巡查民有市場至少1次，並做成紀錄。（疫情嚴峻時科內人員每週出去抽查熱點市場）
二、禽流感防疫：
1.、市場管理員向市場禽肉攤商宣導應販售經屠宰衛生檢查合格禽肉，並請備齊屠宰衛生合格標誌（貼紙）供違法屠宰查緝小組稽查。
2、疫情流行期間市場管理員每天都巡查公有市場、每週至少巡查二次民有市場禽肉攤商是否備有防檢局屠宰衛生合格標誌，如發現有屠宰活禽或疑似販售私宰禽肉之情形，立即通報農業局違法屠宰查緝小組前往稽查。並向消費者加強宣導：通過屠宰衛生檢查者，皆可安心選用；禽肉煮熟，即可安心食用。