依據臺南市零售市場自治組織及管理委員會設置辦法第9條規定，自治組織代表每三年改選一次，得連選連任，代表因故出缺逾半數時，應依原選任方式補選之。但章程另有規定者，從其規定。故自治會會長任期除了自治會章程規定外，原則上三年改選一次。