為阻絕武漢肺炎疫情入侵，黃偉哲市長指示加強各公有、民有零售市場防疫措施，配合經濟部中部辦公室既定防疫作為，秉持防疫超前部署的作法，安排每週定期環境消毒工作（消毒藥劑以次氯酸為主），今年截至4月25日止，本市已完成各公有、民有零售市場環境消毒達707次，其中，公有零售市場546次，民有零售市場161次。
經發局長陳凱凌說明，依據中央流行疫情指揮中心4月10日修訂「武漢肺炎因應指引：社交距離注意事項」，傳統市場應善盡維護適當社交距離之責，攤商及民眾均應配戴口罩，防止攤商或民眾雙方之飛沫噴濺，並避免邊走邊吃，而維持室內 1.5 公尺、室外 1 公尺之社交距離，擁擠或無法保持適當社交距離時，應採行「總量管制」、「減少座位」、「使用隔板」等方式，防範潛在傳染風險。
市場處表示，這波武漢肺炎的疫情仍未平息，面對疫情的蔓延，民眾無須恐慌，市場處將持續針對各公有、民有零售市場每週定期環境消毒，做好充足的防疫準備，請民眾安心至市場購物。